機械鉆孔一直都是電路板成孔的主要方式，基本機械鉆孔處理程序為：將壓合檢查完成的電路板，依允許堆疊片數固定在基準位置，在上方覆蓋保護蓋板下面則放置下墊板，以其后插銷將整疊電路板壓入鉆孔機臺面固定孔即可開始鉆孔。

   鉆孔機臺是利用NC資料控制動作，包含臺面運動、鉆軸上下、轉速高低、鉆針交換等。數位控制的鉆孔機加工需要機械原點，將整疊電路板放置在相對位置上，以指定孔徑鉆針進行鉆孔，鉆孔完成卸載后進行定量抽檢即可送往下一制程加工。
在此對鉆孔作業各個要點進行簡述：

1:鉆孔疊板
   堆疊的目的，是為了能在同一時間內產出較多的電路板 ，在鉆孔時電路板的堆疊片數產出愈高，但堆疊片數仍需考慮到孔徑大小及精準度。當孔徑愈小所能堆疊的片數愈少，要求精度愈高時所能堆疊的片數也越少。
   在堆疊時最上與最下都會放置蓋板與背板，其目的并不相同。蓋板目的是讓鉆針順利切入并抑制毛邊發生，另外可幫助鉆針作業的熱量散失使鉆孔品質提升，多數使用鋁合金板、鋁板、尿素板、合成板等。背板主要目的是當犧牲板，讓鉆針能順利鉆透電路板，避免鉆針傷及鉆孔機平臺，同時降低底部所產生的毛頭，通常選用的材質有紙質酚醛、木漿板等。但無論選用何種鉆孔輔助板，都要同時考量品質與成本。

2:鉆孔機
   機械鉆孔機具有X、Y方向運動機構，并有多鉆軸在同一機組上。一般運動方式是以臺面走Y方向，固定鉆軸機構則走X方向，鉆孔位置就是由此二運動所形成的交叉坐標。至于Z方向運動，則靠控制鉆軸上下或軸心內特殊裝置運動連成。鉆孔就借著XY運動加上Z方向的鉆軸運動，驅動前端鉆針進行各種孔徑鉆孔。
   驅動機械的馬達是伺服馬達，會遵循數位資料控制位置及動作。機臺軸數，主要依靠生產的電路板尺寸及產品種類多少而定，量少種類多則少軸數較有利，產品種類少數大則多軸數較有利。
為了達到高準度與小孔徑目標，鉆孔機臺已提出相當多應對方案，如：自動感應斷針、增加鉆孔轉速、改良排屑設計、增加機臺穩定等，但是仍需搭配鉆針材質與適當的鉆孔操作參數。

3:鉆針
   鉆針是電路板成孔的主要耗材，使用時將鉆針安裝在鉆軸上，借鉆孔機提供的高轉速搭配上針設計，可生產適當的切削力，用來切割電路板樹脂、玻纖、銅皮所構成的復合材料，達到成孔目的。
而鉆針設計，如：鉆針的尖端角、螺旋角、鉆刃中心度、排屑渣等各種形狀都會影響鉆孔品質。鉆針的前端為顧及孔壁平滑度及降低膠渣產生量，部分會采用減縮直徑的做法稱為Under-Cut鉆針，如此可獲得較佳的鉆孔結果。
   另外鉆針在使用時，必須切削某些較堅硬的材質如玻纖或陶瓷填充材等，會使鉆針容易磨損，因此目前多會使用碳化鎢超硬合金，或在其中調整比例增加耐摩耗性及韌性，以提高使用壽命。

4:后處理及檢查
   鉆孔完成的產品從鉆孔機卸下并拆解，在送出制程前必須進行孔品質檢查，檢查項目包括：孔位、孔徑、孔數等，至于是否漏鉆則可以抽檢方式和工作底片比對來確認。目前已有自動孔位及孔徑檢查機，可以利用CAD系統供應的數據做影像對比，很容易發現問題所在。
   至于板面目視檢查，是要目視檢查作業中造成的刮痕及其他損傷。孔內狀態雖不易由肉眼觀察，但目前已有3D顯微鏡可以做孔內的360度觀察。